Książka to teoretyczny i praktyczny przewodnik po dość niełatwym dla wielu Sakramencie Pokuty i Pojednania. O. Adam Szustak OP w prosty, konkretny, ale i oryginalny sposób mierzy się w tej publikacji z różnymi wątpliwościami, niejasnościami, lękami i uprzedzeniami, które z czasem narosły wokół spowiedzi. Jednocześnie jednak z niesamowitą wyrazistością ukazuje spowiedź jako jeden z najbardziej dotykalnych śladów Boga w Kościele, pewników Jego obecności i najlepszy przykład Jego wszechmocy.
„Spowiedź. Instrukcja obsługi” składa się z dwóch części: teoretycznej i praktycznej. Pierwsza z nich zawiera komentarz do dwóch biblijnych „spowiedzi”, które sprawował sam Pan Jezus. Autor pokazuje Chrystusa, który spotykając ze swoim miłosierdziem dwóch apostołów, Piotra i Judasza, po pierwsze wyjaśnił, o co naprawdę będzie chodziło w spowiedzi, gdy będzie sprawował ją Kościół, po drugie zaś opowiedział, do jakiej relacji z Sobą chce zaprosić każdego grzesznika. Druga część książki to sama praktyka zawierająca szczegółowe, a zarazem bardzo przystępne i zrozumiałe omówienie poszczególnych warunków spowiedzi, czyli rachunku sumienia, żalu, wyznania grzechów oraz zadośćuczynienia i pokuty.